Не секрет, что подключаться к SSH и выполнять команды можно не только из интерактивного клиента, но и из разнообразных скриптов.
Рассмотрим использование SSH из PHP скриптов с авторизацией по логину и паролю или ключу.
Функции для работы с SSH в PHP не являются нативными, а реализуются расширением pecl-ssh2. На нашем хостинге SSH доступ есть на всех тарифах, и расширение pecl-ssh2 уже установлено, поэтому Вы можете просто приступить к использованию.

Общие сведения о SSH можно прочитать по ссылке: http://jahost.ru/doc/what_is_ssh
Краткий справочник по командам находится по ссылке: http://jahost.ru/doc/ssh-help

Авторизация по логину и паролю

Соединение с SSH и выполнение shell команды происходит в три функции:
# Соединение с сервером, в данном примере это h1.jahost.ru
$connection = ssh2_connect('h1.jahost.ru', 22);
# Авторизация с использованием логина и пароля
ssh2_auth_password($connection, 'username', 'password');
# Выполняем команду
# (Выводим список папок и файлов в домашней директории)
$stream = ssh2_exec($connection, 'ls ~/');
 
Разумеется, username и password необходимо заменить на данные от Вашего аккаунта.

Авторизация по ключу

Прочитать про создание и использование SSH-ключа можно в статье Авторизация без пароля (по ключу).
Необходимо создать SSH-ключ с кодовой фразой (passphrase) и не конвертировать его для PuTTy.

Соединение и авторизация немного отличаются от предыдущего варианта:
# Соединение с сервером, в данном примере это h1.jahost.ru
$connection = ssh2_connect('h1.jahost.ru', 22, array('hostkey'=>'ssh-rsa'));
# Авторизация с использованием ключей
if (ssh2_auth_pubkey_file($connection, 'username',
                          '~/.ssh/id_rsa.pub',
                          '~/.ssh/id_rsa', 'secret')) {
     # Выполняем команду
     # (Выводим список папок и файлов в домашней директории)
     $stream = ssh2_exec($connection, 'ls ~/');
}

Для выполнения другой команды замените ls ~/ на нужную Вам.