Какие отличия при использовании windows сервера и linux? (SSH)

В отличие от Windows-систем, в Unix важен регистр букв в названиях файлов и именах команд. То есть, файлы index.htm, index.HTM и INDEX.HTM - три разных файла. Команды ls и LS - тоже разные (второй не существует, в частности). Обратите на это особое внимание.

В описании пути к файлам на диске используется символ '/' - символ 'прямой слэш' (forward slash). Таким образом, привычный в Windows путь Dir1\Dir2\file.html будет выглядеть в Unix как Dir1/Dir2/file.html. Существуют также условные ссылки на каталоги:
. - текущий каталог
.. - каталог на уровень выше текущего
~ - домашний каталог, куда вы попадаете при заходе на сервер
$HOME - тот же домашний каталог
Лучше не называть файлы и каталоги по-русски. У вас могут возникнуть проблемы с использованием таких названий как через FTP и unix shell, так и через веб-доступ.
Наверняка вы уже давно для себя отметили, что в адресах веб-страниц практически никогда не встречаются кириллические буквы. Это не просто так - по возможности используйте латиницу.

В SSH существуют так называемые "автодополнения", вызываемые с помощью кнопки Tab. Например, в текущей директории лежит файл test123321 и нужно его удалить. Для этого не нужно писать полное имя файла - достаточно написать одну букву t и нажать Tab: rm t<Tab> - выведется rm test123321.
Если в директории лежат несколько файлов с именами, начинающимися на t (например, test123321, tset, tst), то для удаления файла test123321 нужно написать rm te<Tab> - выведется полное имя файла. При нажатии <Tab> два раза выведутся все подходящие варианты, то есть, если написать rm t<Tab><Tab> то выведется:
test123321 tset tst
Автодополнение также работает и для команд, и для некоторых параметров команд. К примеру, если написать ns и два раза нажать Tab, то выведется список всех доступных команд, начинающихся на ns:
nsgmls nslookup nsupdate